Die Sammlung ist das Herzstück und die Seele unseres Museums. Grundgedanke der Präsentation ist eine chronologische Abfolge, die es ermöglicht, die wichtigsten Bewegungen und Stile der Kunstgeschichte vom 19. Jahrhundert bis zur Gegenwart im Original kennen zu lernen. 

Zusätzlich legen wir den Fokus auf Künstler*innen, die eine besondere Beziehung zu Linz und zum Lentos haben, wie VALIE EXPORT und Herbert Bayer. Kunstgeschichte ist nichts Statisches, im Gegenteil, der Kanon wird immer wieder neu geschrieben und so kommt es laufend zu Neubewertungen und Wiederentdeckungen. So wird das Museum zum Instrument für das Erleben und Verstehen der Kunstgeschichte und führt hin zu den Wechselausstellungen, die sich vorwiegend der aktuellen Kunst widmen. Die Neuaufstellung der Sammlung wurde 2018 schrittweise von Museumsdirektorin Hemma Schmutz gemeinsam mit ihrem Team vorgenommen.